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谈谈新型癌症Panel,可帮助预测免疫疗法的成功性

发布者: 静待花开 | 发布时间: 2020-3-26 08:29| 查看数: 5| 评论数: 0 |帖子模式 |只看大图 |关灯


  了解癌症生物标记物的表达有助于预测某些免疫疗法治疗是否成功。为此,Illumina为研究人员提供了AmpliSeqforIlluminaImmuneResponsePanel,这是一种靶向重测序分析套装,用于对395种基因的癌症生物标记物进行定量,这些基因参与肿瘤—免疫系统相互作用。ImmuneResponsepanel是集成工作流程的一部分,该工作流程包括基于AmpliSeqforIlluminaPCR的文库制备、Illumina边合成边测序(SBS)化学技术和新一代测序(NGS)技术,以及自动化分析过程。使用起始量低至10ng的RNA,研究人员即可用该癌症Panel检测与不同白细胞亚群、抗原表达、检查点通路以及肿瘤进展相关的生物标记物。低起始量要求使不同质量的样本都适用,包括福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织。ImmuneResponsepanel作为AmpliSeqforIllumina靶向重测序解决方案的一部分,能够在转化和临床研究中快速、准确地评估基因表达。业内人士认为,测序产品的发展标志着整个行业在快速稳步的前进中。


  相关的基因内容

  该癌症Panel的内容是根据多个来源的资料选择的,这些来源包括记录药物反应潜在预测标记物的同行评审文章、日本国立癌症中心的专家、制药公司、DAVID数据库(DatabaseforAnnotation,Visualization,andIntegratedDiscovery)等公共数据库,以及临床试验注册机构。所得panel靶向肿瘤微环境中表达的395种基因。这种即用型panel可帮助研究人员节省鉴定目标基因、设计扩增子和优化性能所需的时间和精力。

  简单的一体化工作流程

  AmpliSeqforIlluminaImmuneResponsePanel是RNA—结果解决方案的一部分,该解决方案提供了精简的内容、易操作的文库制备方法,按键式的测序系统以及简化的数据分析。文库制备工作的第一步是将总RNA转化为cDNA(用户提供的SuperScriptVILOcDNASynthesisKit,ThermoFisherScientific公司,编号11754050),然后进行简单的基于PCR的方案,仅需要6小时即可完成,且手动操作时间小于1.5小时。所得文库可经过均一化、混合,然后装载到流动槽上进行测序。采用成熟的SBS化学技术,在任意兼容的Illumina测序系统上对制备好的文库进行测序,

  准确的数据

  另外,这个癌症Panel可研究参与肿瘤微环境和免疫反应系统的基因。为了验证分析的准确性,使用ImmuneResponsepanel和NextSeq?系统重复分析从肺组织分离的RNA样本。结果表明,两种样本具有高度一致性(R2=0.98)。

  源自:用于研究参与肿瘤—免疫系统间相互作用的395种基因的RNApanel

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  标题:新型癌症Panel,可帮助预测免疫疗法的成功性_Illumina中国官网

  描述:了解癌症生物标记物的表达有助于预测某些免疫疗法治疗是否成功。为此,Illumina为研究人员提供了AmpliSeqforIlluminaImmuneResponsePanel,这是一种靶向重测序分析套装,用于对395种基因的癌症生物标记物进行定量,这些基因参与肿瘤—免疫系统相互作用。

  撰稿二

  关键词:文库制备

  新一代测序工具进一步优化文库制备技术

  新一代测序(NGS)已成为重要的微生物学研究工具,用于分析细菌、病毒等微生物的小型基因组(≤5Mb)。微生物NGS,包括全基因组测序(WGS)和靶向重测序,可对新生物进行基因组定位和从头组装,对已知生物进行完整基因组组装,并且可比较不同样本的基因组。Nextera?测序化学技术将DNA片段化和标记接头步骤整合到单个反应(称为“标记片段化”(tagmentation)中,并且不需要在混池和测序前进行文库定量,大大缩短和简化了文库制备。NexteraDNAFlexLibraryPreparationKit代表了Illumina文库制备下一步的发展。除了提高工作流程中的速度和效率之外,NexteraDNAFlex还可灵活地支持各种样本类型和起始量,并能制备稳定、一致的用于直接测序的文库。

  优化的文库制备

  Illumina文库制备技术的一项重大进步以及NexteraDNAFlexLibraryPreparationKit的关键功能是On-BeadTagmentation,DNA片段化和标记Illumina测序引物同时在固定有转座子酶的磁珠(BLT)上进行。

  在iSeq100系统上测序

  完成制备后,将文库上样到iSeq100系统的预填充试剂卡盒。在iSeq100系统上开始一次测序运行非常简单,只需不到五分钟的设置时间即可完成上样和启动。iSeq100系统在单个设备中集成了扩增、测序和数据分析。直观的用户界面为运行设置和运行启动过程的每个步骤提供了指导,使研究人员只需接受最简单的用户培训即能够快速执行各种测序应用。iSeq100系统采用成熟的IlluminaSBS测序化学技术,该技术生成了世界上90%以上的测序数据。IlluminaSBS测序化学技术适用于所有Illumina测序系统,使研究人员能够跨系统比较数据,并将其研究扩展至更高通量的系统。

  全面的覆盖

  为证实iSeq100系统与Illumina产品组合中的其他测序系统在微生物基因组装方面性能相当,使用NexteraDNAFlexLibraryPreparationKit文库制备了来自三个不同细菌物种的GC含量不同的起始基因组DNA。在iSeq100系统、MiniSeq?系统和MiSeq?系统上采用双端测序2×151bpread对文库进行测序。与MiniSeq和MiSeq系统相比,iSeq100系统可对不同细菌物种提供相似均一性的覆盖度。这些结果表明,iSeq100系统在靶向和全基因组微生物测序上具有出色的性能。

  源自:采用iSeq?100测序系统进行微生物全基因组测序

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  标题:新一代测序工具进一步优化文库制备技术_Illumina中国官网

  描述:新一代测序(NGS)已成为重要的微生物学研究工具,用于分析细菌、病毒等微生物的小型基因组(≤5Mb)。微生物NGS,包括全基因组测序(WGS)和靶向重测序,可对新生物进行基因组定位和从头组装,对已知生物进行完整基因组组装,并且可比较不同样本的基因组。

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