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明白Illumina的16S宏基因组学流程是怎样的

发布者: 静待花开 | 发布时间: 2020-3-26 08:18| 查看数: 12| 评论数: 0 |帖子模式 |只看大图 |关灯


  Illumina的16S宏基因组学流程以及水库中微生物群落的研究是与印第安纳大学—普渡大学印第安纳波利斯分校(IUPUI)的地球与环境科学中心以及公民能源集团合作开展的。结果揭示了水库中微生物群落的模式,这有望应用于评估环境对水质的影响。在某种程度上,融合基因的发展已超越了很多的同行业务,但其从未停止脚步一直砥砺前行着。


  这项研究参照了16S宏基因组测序的文库制备指南来制备测序文库,它们针对16SrRNA基因的V3和V4可变区。双端测序在MiSeq系统上开展,而数据是采用BaseSpace?分析环境中的16SMetagenomicsApp分析的。

  水样是在一年内定期从印第安纳州印第安纳波利斯的EagleCreek水库采集的。我们分别从水库表面、3米深、6米深以及近底层采集独立的样本。采用Epicentre?DNA分离试剂盒从革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌的混合样本中获得高质量、无抑制剂的DNA,这些样本采自多个环境来源,包括水、土壤、粪便和堆肥。在这项研究中,DNA是利用Meta-G-Nome?DNAIsolationKit从27个水样中分离的。每个样本中大约提取出700ngDNA。

  Illumina减轻了测序数据分析的大部分复杂工作。遵循Illumina的流程,研究人员可在仪器或BaseSpace中分析MiSeq系统上产生的测序数据。MiSeqReporter软件能在测序仪上分析数据,也能在独立的计算机上分析。另外,在BaseSpace中,数据也能传输、分析、存储以及与合作者共享。按照16S的流程,BaseSpace最快在12小时内带来分析好的序列,而BaseSpace应用程序(app)让您访问到不断增加的分析工具。

  利用MiSeq系统中的16S宏基因组学流程,微生物学家在细菌群落的宏基因组研究中可达到物种水平的灵敏度。在这项研究中,我们利用Illumina的流程来研究水库中的微生物群落,揭开群落组成的变化。这项研究让生物学家能够利用新的方法,来研究环境对水源和水质的影响。16S宏基因组研究是MiSeq桌面式测序仪的多个应用之一。Illumina的解决方案在此过程中,从DNA分离到数据分析的每一步为研究人员提供支持,实现了微生物基因组探索的一系列应用。

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  参考文献:利用MiSeq?系统开展16S宏基因组学研究

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  标题:Illumina的16S宏基因组学流程是怎样的_Illumina中国官网

  描述:Illumina的16S宏基因组学流程以及水库中微生物群落的研究是与印第安纳大学—普渡大学印第安纳波利斯分校(IUPUI)的地球与环境科学中心以及公民能源集团合作开展的。

  网址:

  https://www.illumina.com.cn/destination/2020010201.html

  撰稿二

  关键词:转录组

  标题:Illumina测序技术的准确性,实现转录组和靶向重测序应用

  源自成熟的Illumina新一代测序(NGS)系统产品组合,经创新改良的NextSeq550测序系统可同时提供高通量测序和芯片扫描能力,以及台式测序仪的操作便捷性(图1)。具备快速、一体化、从DNA初始材料至数据生成的工作流程,可以在一次运行中快速实现外显子组、靶向panel和转录组测序,同时还具有根据需要转换为较低通量测序的灵活性。集成式测序与芯片扫描系统,无缝适应多种研究实验室,减少对多种仪器的需求。Illumina的科学家全程提供支持,让研究人员可以专注于获得突破性的发现。

  NextSeq550系统帮助研究人员紧跟技术的发展,并将新技术应用于测序和芯片项目中。本系统强大并可扩展,能让各类高通量应用变为价格可承受的日常研究工具。NextSeq550系统的灵活性可帮助研究人员快速地在不同的应用之间切换,并且根据样本量和覆盖度需求调整产出的数据量。如今,即使是最小的实验室都能够使用各类新一代测序和芯片应用来推进他们的研究并加速实现研究目标。

  NextSeq550测序系统能针对不同的项目规模和测序通量提供适合的测序仪,为用户提供优化的操作效率。NextSeq550系统同样可以在一天的周转时间内实现一系列热门的测序应用。使用本款仪器,研究人员可以在每次运行时对一系列样本进行测序:

  ?1–12个外显子组

  ?1–16个转录组

  ?6–96个靶向panel

  ?12–40个基因表达图谱样本

  NextSeq550系统配置便捷,并为研究人员提供可扩展性,以处理从低通量到高通量的项目规模。基于样本量和覆盖度的需求,研究人员可以在两种不同的流动槽模式(高产出和中等产出)中进行选择,方便每次测序运行时在较低与较高通量之间切换。NextSeq550系统为双端测序提供集成式支持,提供长至2×150bp的用户可定义测序read长度。系统支持全系列Illumina文库制备和靶向富集解决方案,测序文库可与Illumina其他的测序平台兼容。这可以帮助研究人员方便地将研究升级至更高通量的HiSeq?和NovaSeq?系列系统,或是使用MiSeq?系列系统进行后续的研究。

  NextSeq550测序系统提供多个数据分析选项。与仪器集成的计算机执行碱基检出和质量评分。测序运行数据可通过专为Illumina数据开发的一系列开源或商用途径进行分析,或即刻被转移、分析、并安全存储在Illumina的BaseSpace?SequenceHub等基因组计算环境中。BaseSpaceSequenceHub分析应用程序包括比对和变异体检出、注释、可视化和判读。BaseSpaceSequenceHub还包括可用于外显子组、转录组、全基因组,以及体细胞变异检出的数据分析应用程序。得益于行业标准的数据格式,第三方开发人员创建了一个丰富的生态系统,包括商用工具和开源工具,用于更为广泛的下游数据分析。

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  参考文献:NextSeq?550测序系统

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  标题:Illumina测序技术的准确性,实现转录组和靶向重测序应用_Illumina中国官网

  描述:具备快速、一体化、从DNA初始材料至数据生成的工作流程,可以在一次运行中快速实现外显子组、靶向panel和转录组测序,同时还具有根据需要转换为较低通量测序的灵活性。

  网址:

  https://www.illumina.com.cn/destination/2020010202.html

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